İskemik inme için elektroakupunktur tedavisinin biyoenformatik analizi: süper güçlendiriciler aracılığıyla sağlanan transkripsiyonel düzenleyici mekanizmaların araştırılması.

İskemik inme için elektroakupunktur tedavisinin biyoenformatik analizi: süper güçlendiriciler tarafından aracılık edilen transkripsiyonel düzenleyici mekanizmaların keşfi. Wu Chunxiao, Wang Qizhang, Xu Zhirui, Deng Chuyu, Tang Chunzhi Sinirbilimde sınırlar ÖZET GİRİŞ: İskemik inme, hastalara ve topluma önemli fiziksel, duygusal ve ekonomik yükler yükleyen, sakatlık ve ölümün önde gelen bir nedenidir. Bu çalışma, süper güçlendiricilerin (SE'ler) iskemik inme bağlamında gen ifadesi üzerindeki düzenleyici etkilerini ve potansiyel transkripsiyonel düzenleyici mekanizmalarını keşfetmeyi amaçlamıştır. YÖNTEMLER: Süper güçlendiriciler, H3K27ac kromatin immünoçöktürme dizilemesi (ChIP-seq) ve ROSE yazılımı yoluyla tanımlanmıştır. Farklı şekilde ifade edilen genleri taramak için RNA dizilemesi (RNA-seq) kullanılmıştır. ChIP-seq ve RNA-seq verilerinin karşılaştırmalı analizi başlangıçta SE hedef genlerini tanımladı, ardından rastgele orman yöntemi ile anahtar çekirdek farklı şekilde ifade edilen SE hedef genlerinin daha fazla taranması izledi. Tanımlanan çekirdek SE hedef genleri başlangıçta immünofloresan ve immünoblotlama teknikleriyle doğrulandı. Ek olarak, potansiyel çekirdek transkripsiyonel düzenleyici devreler ön olarak Coltron algoritması ile tarandı. BULGULAR: İskemik inme modeli ve elektroakupunktur uygulanan gruplarda SE ile ilişkili genleri tanımladık ve elektroakupunktur grubunda SE'ler tarafından benzersiz şekilde düzenlenen 41 geni, model grubunda ise 367 geni ortaya çıkardık. Zenginleştirme analizleri, akson rehberliğinde, yağ hücrelerinde lipolizin düzenlenmesinde ve sfingolipid sinyal yolunda yer alan yolların SE hedef genlerinde önemli ölçüde zenginleştiğini ortaya koydu ve bu yolların elektroakupunkturun terapötik etkilerinde yer alabileceğini düşündürdü. Özellikle, HDAC7 SE tarafından yönlendirilen önemli bir gen olarak ortaya çıktı; ekspresyonu elektroakupunktur tedavisinden sonra önemli ölçüde azaldı ve bu da terapötik bir hedef olarak potansiyelini gösterdi. Protein ekspresyon analizleri, model grubunda elektroakupunktur müdahalesiyle azaltılan yüksek HDAC7 seviyelerini doğruladı (p < 0,05). Ayrıca, SOX8, FOXK1 ve KLF13'ü içeren çekirdek transkripsiyonel düzenleyici devreler tanımlandı ve bunların iskemik inme bağlamında akupunkturla SE aracılı gen düzenlemesinin modülasyonundaki rolleri vurgulandı. SONUÇ: Genel olarak, bulgularımız akupunkturun iskemik inmeyi tedavi edebileceği moleküler mekanizmalara ilişkin yeni içgörüler sunarak, gelecekteki terapötik stratejiler için umut verici hedefler olarak temel SE hedef genlerini ve transkripsiyonel devreleri tanımlamaktadır. Bu bulguları klinik ortamlarda doğrulamak ve akupunkturun iskemik inme tedavisindeki translasyonel potansiyelini keşfetmek için daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir.